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面倒くさくなったので以下通常モードで。
少し試してみただけでも収穫というものはあるもので、まず、濁音、例えば「が」を表記する際、点字だと「か」の直前に濁音記号を置くのですが、モールス信号だと「か」の直後に濁音記号「・・」を置くようです（ソースはこちらのモールス信号変換ページ）。文字と音声の違いが影響しているのかもしれませんが、興味深い相違点だと思います。
あと、促音や拗音をどう表記するのかも調べようとしてしばらく頑張って検索していたのですが、検索しても説明の載っているページが見つかりませんでした。お手数をお掛けしますが、詳しい方からの情報をお待ちしております。